La Institución tiene como estandarte una bandera con dos franjas horizontales iguales, de color verde oscuro y blanco, con el Escudo del establecimiento en el centro. El color verde es el símbolo de la esperanza y la naturaleza y el color blanco, la pureza.
El Escudo es un blasón enmarcado en una franja amarilla, cuyo interior está dividido en dos campos oblicuos: verde claro arriba, y blanco en la parte inferior, sobre los que van superpuestos cuatro símbolos: en el cuartel medio superior la letra griega “ T ” (Tau) que es una alegoría franciscana; la envoltura atómica que simboliza la ciencia; como base el libro que significa el estudio; y el ramo de laurel cuyo significado es el triunfo. Los colores amarillo y blanco representan a la Iglesia Católica y el verde que es el símbolo de la esperanza. En la base del Escudo está el nombre de la Unidad Educativa y en la parte superior se encuentra la frase “Per ardua ad astra” (“Por el esfuerzo al triunfo”).
San Francisco de Asís, según los compañeros y sus primeros biógrafos, amaba y veneraba la Tau (nombre de la letra T en hebreo y griego) "porque representa la Cruz y significa una verdadera penitencia”.
La Tau era por tanto el signo más querido para Francisco, su sello, el signo revelador de una convicción espiritual profunda de que sólo en la cruz de Cristo está la salvación de todo hombre